Ctrl+K

⛏️ Instalar software con Spack

⛏️ Instalar software con Spack#

Spack es un gestor de paquetes centrado específicamente en las necesidades de la computación científica y de alto rendimiento. Facilita la compilación, instalación, y la gestión de herramientas necesarias para proyectos científicos y de simulación.

Descarga#

Para bajar spack debe clonar el repositorio

$ git clone --branch releases/v0.21 https://github.com/spack/spack.git ~/spack

Nota

El flag --branch releases/v0.21 es para usar la última versión 0.21.x de spack. Para usar la última version, ver las releases en GitHub.

Configuración#

Cargue spack en la sesión

$ source ~/spack/share/spack/setup-env.sh

Cargue el compilador GCC y configuraciones por defecto de spack

$ module load gcc spack-config

Indique a spack que busque los compiladores disponibles

$ spack compiler find

Compilación#

Para compilar e instalar, por ejemplo, OpenMX

$ spack install openmx

También puede indicar exactamente que versión del compilador usar

$ spack install openmx %gcc@11.2

y esperar…

Truco

Hacer esto dentro de tmux o screen porque puede tardar mucho.

Si la compilación fue exitosa, va a poder hacer lo siguiente:

$ spack module tcl refresh -y
==> Regenerating tcl module files
$ module use ~/spack/share/spack/modules/linux-rocky8-zen2/
$ module avail
----------------------------------- /home/aisilva/spack/share/spack/modules/linux-rocky8-zen2 -----------------------------------
[...]
hcoll-4.8.3220-gcc-11.2.0-7enxbnq       openmpi-4.1.2-gcc-11.2.0-ghlcelo           xz-5.4.1-gcc-11.2.0-dvtphbi            
hwloc-2.9.1-gcc-11.2.0-dteec3g          openmx-3.9-gcc-11.2.0-ibaapqx              zlib-1.2.13-gcc-11.2.0-6e3573b         
knem-1.1.4.90-gcc-11.2.0-ahbed4n        openssh-8.0p1-gcc-11.2.0-ujsbtre
[...]

$ module load openmx-3.9-gcc-11.2.0-ibaapqx
Loading openmx-3.9-gcc-11.2.0-ibaapqx
  Loading requirement: [...]
$ which openmx
~/spack/opt/spack/linux-rocky8-zen2/gcc-11.2.0/openmx-3.9-ibaapqx5jikmslor2wui2hgfldxgicj7/bin/openmx

Ver también

Más detalles sobre como funciona el comando module.

Escriba el submit.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=test
#SBATCH --partition=short
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --time 0-1:00

source /etc/profile

export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
export MKL_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK

module use ~/spack/share/spack/modules/linux-rocky8-zen2/
module load gcc openmx-3.9-gcc-11.2.0-ibaapqx

srun --mpi=pmix openmx test_1.dat > test_1.std

Ver también

Como escribir un script de submit.

Y ya puede encolar el job.

$ squeue submit.sh

Ver también

Un tutorial más completo en inglés: spack-tutorial.readthedocs.io.

Contenido